슈렉이 아름다운 공주 피오나와 겁나먼 왕국을 구해낸 이후. 그들도 오래오래 행복하게 살았...더라면 참 좋았을텐데! 과연 슈렉에게도 모두가 바라던 해피엔딩이 올까?
 한 가정의 평범한 아빠와 남편으로 반복되는 일상에 따분함을 느끼던 슈렉은 마을 사람들에게 겁을 주고, 진흙 목욕도 실컷 하던 자유로웠던 시절을 꿈꾸게 된다. ‘단 하루라도 자유로워진다면 죽어도 한이 없겠어’라며, 단 하루의 일탈을 꿈꾸던 슈렉은 ‘겁나먼 세상’을 차지하려는 악당 럼펠의 그럴싸한 계략에 속아넘어가 ‘완전 딴판 겁나먼 세상’에 떨어지고 만다.
 완전 딴판으로 바뀌어버린 세상에서 절친 동키는 슈렉을 미친 괴물 취급하며 줄행랑 치고, 단 하나의 사랑 피오나는 하이킥을 날리고, 장화신은 고양이는 더 이상 장화를 신지 않는 D라인의 고양이가 되어 있다. 친구들과 왕국, 그리고 하나뿐인 진실한 사랑을 되찾기 위한 슈렉의 마지막 이야기가 시작된다!